Finnair on yhä keskellä kahden ammattiliiton välistä järjestökahakkaa. Ammattiliitto Prolla ja toisella ammattiliitolla, Ilmailualan Unionilla IAU:lla on keskinäinen kiista työntekijöiden edustuksesta lentoliikenteen palveluja koskevissa työehtosopimusneuvotteluissa.